Юрий Николаевич Аксёненко родился 6 июля 1950 года в совхозе 'Кушумский' Ершовского района Саратовской области.
В марте 1992 года назначен главой администрации Саратовского района, в 1994 году избран депутатом Саратовской областной Думы первого созыва. С апреля 1996 года Ю.Н. Аксёненко - мэр города Саратова, а с 27 декабря 1996 года на основании решения Саратовской городской Думы вступил в должность мэра - главы городского самоуправления. В декабре 2000 года депутаты городской Думы проголосовали за продление полномочий еще на один избирательный срок.
Окончил два высших учебных заведения: Саратовский Юридический институт и Поволжский кадровый центр. Ему присвоена учёная степень доктора социологических наук.